L’article 18 alinéa 4 LIFD dispose, tout comme l’article 8 alinéa 1 LHID, que le bénéfice réalisé à la vente d’immeubles agricoles ou sylvicoles n’est ajouté au revenu imposable que jusqu’à concurrence des dépenses d’investissement. Il en va de même en cas de réalisation systématique, c’est-à-dire lors du passage de tels immeubles de la fortune commerciale à la fortune privée de l’exploitant.
Dans la cause 2C_202/2017, jugée par le Tribunal fédéral le 9 mars, le litige ne portait que sur l’étendue de cette imposition.
Se référant à sa jurisprudence en la matière, le Tribunal fédéral a rappelé que la valorisation devait suivre non pas les règles du droit civil, comme l’avait fait l’autorité fiscale, mais celles du droit commercial et ainsi, indirectement, de l’économie d’entreprise (voir notamment le blog du Groupe Ilex de la semaine 44/17). Ce sont donc les valeurs comptables qui sont déterminantes pour fixer le bénéfice imposable, ce qui résulte déjà du principe de la déterminance.
Les dépenses d’investissement, qui servent de frontière entre le bénéfice imposable et le bénéfice non imposable, sont définies à l’article 12 alinéa 1 LHID.
L’autorité inférieure avait pris en compte les amortissements récupérés en distinguant dans le calcul le terrain de la partie bâtie de l’immeuble ; elle avait ainsi suivi la distinction entre terrain et bâtiment faite par le recourant dans son bilan. En procédant ainsi, ce qui conduit à prendre en compte un accroissement de valeur conjoncturel différencié, elle est arrivée à un montant d’amortissements récupérés inférieur aux dépenses d’investissement au sens de l’article 12 alinéa 1 LHID, engagées sur l’ensemble de l’immeuble.
Pour le Tribunal fédéral, ce sont les dépenses d’investissement sur le bien immobilier dans son ensemble qui doivent être prises en compte, sous peine de violer le droit fédéral. Il a explicitement admis que la méthode consistant à prendre en compte séparément les différentes parties constituant l’immeuble, comme l’avait fait l’instance inférieure, mais lui même aussi dans l’arrêt 2C_708/2017 du 27 septembre 2017, ne devait plus être suivie.