Pour que l’Administration fédérale des contributions puisse procéder à une taxation par estimation, l’une des trois conditions posées à l’article 79 alinéa 1 LTVA doit être présente : (i) défaut de documents comptables ou (ii) documents comptables incomplets ou (iii) les résultats présentés par l’assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité. La documentation peut être lacunaire même si la comptabilité a été tenue selon les règles du droit commercial et que les obligations plus étendues, fixées sur la base de l’article 70 alinéa 1 LTVA, ont été remplies. Ce qui est déterminant pour justifier une taxation par estimation, c’est le caractère incomplet des faits pertinents pour la taxe sur la valeur ajoutée – et avant tout des prestations imposables – qui ne permet pas de fixer l’impôt sur la base des relations réelles.

C’est ce que le Tribunal fédéral précise dans son arrêt 2C_727/2021 du 11 mai. Ce sont les enregistrements comptables des honoraires perçus par les thérapeutes, à imputer à la recourante, qui manquaient en l’espèce et dont les montants ne pouvaient pas être établis de manière certaine (pour l’état de fait, voir notamment notre blog de la semaine 34/21).

Pour ce qui est de la question centrale – de savoir si les prestations fournies par les thérapeutes sont les leurs ou si elles sont imputables à la recourante -, le Tribunal fédéral suit dans l’ensemble le raisonnement du Tribunal administratif fédéral dans l’arrêt attaqué et arrive à la même conclusion : en dépit de certains aspects personnalisés dans les rapports avec la patientèle, c’est la recourante qui apparaît vers l’extérieur comme fournisseur des prestations et celles-ci lui sont attribuées (art. 20 al.1 LTVA). Il relève néanmoins, à la différence de l’autorité inférieure, que les rapports internes peuvent ne pas être nécessairement ceux d’un contrat de travail et que les thérapeutes peuvent aussi avoir exercé une activité entrepreneuriale, donc indépendante, au sens de l’article 10 alinéa 1 LTVA ; dans un tel cas de figure, c’est l’article 20 alinéa 3 LTVA qui trouve application, sur la base de deux rapports de prestations successifs.